Évaluation des actes de diagnostic biologique de la pneumocystose (Pneumocystis jirovecii)

Objectif

L’objectif de ce travail est d’évaluer les examens de biologie médicale permettant d’établir le diagnostic biologique de pneumocystose, pneumopathie interstitielle bilatérale dont l’agent pathogène est un champignon, Pneumocystis jirovecii, spécifique de l’espèce humaine. Il cible plus particulièrement la recherche directe de l’agent infectieux par les techniques microscopiques (colorations, immunofluorescence) ainsi que la recherche d’ADN via les techniques d’amplification génique.  Il évalue également le dosage sérique de l’antigène soluble β-(1-3)- D - glucane (BG), présent dans la paroi cellulaire du microorganisme. Ce travail est mené, en vue d’inscriptions à la liste des actes de biologie médicale, pris en charge par le système national d’assurance maladie en France, à la demande de ce système.

Conclusion

Les données ainsi analysées (méta-analyses, recommandations de bonne pratique, rapport d’évaluation technologique ; position de quatre organismes professionnels) permettent de conclure que :

• l’examen direct au microscope sur le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) est actuellement l’examen de première intention pour établir le diagnostic de pneumocystose ; l’association de deux techniques complémentaires est nécessaire pour détecter les diverses formes fongiques caractéristiques (asques/ascospores et formes trophiques dites végétatives) et augmenter la sensibilité de l’examen, soit par deux colorations, soit par une coloration et une recherche en immunofluorescence (plus sensible). Il peut permettre par coloration d’identifier d’autres agents infectieux responsables d’infections opportunistes chez ces patients immunodéprimés ;
• la recherche d’ADN de P. jirovecii par amplification génique en temps réel (qPCR), sur le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), est indiquée lorsque l’examen microscopique n’a pas permis d’établir un diagnostic, en cas de forte suspicion de pneumocystose sur les critères clinico-radiologiques. Son utilisation sur des prélèvements respiratoires non invasifs (expectorations, aspirations, rinçages) est possible mais, moins sensible que dans le LBA, elle ne permet pas d’écarter une pneumopathie à P. jirovecii (PPJ) en cas de résultat négatif ;
• la recherche de l’antigène soluble BG dans le sang par technique colorimétrique (test basé sur une modification du mécanisme du lysat d’amœbocyte de limule) est indiquée :
  • dans la stratégie diagnostique des cas de pneumopathie fébrile chez une personne immunodéprimée de diagnostic différentiel difficile ; le BG est intéressant car il est réalisable en l’absence de prélèvement pulmonaire et qu’un résultat négatif permet d’exclure une pathologie fongique invasive. En cas de positivité, les autres éléments diagnostiques sont indispensables pour identifier l’infection fongique invasive,
  • cette recherche de BG n’est pas indiquée dans le suivi thérapeutique.

Méthode

La méthode retenue est une procédure d’évaluation qui comprend :

• la réalisation d’une analyse critique de la littérature synthétique (recommandations de bonne pratique, revues systématiques avec méta-analyse, rapport d’évaluation technologique) identifiée par une recherche documentaire systématique, puis une sélection sur des critères explicites, dont certains de qualité méthodologique ;
• le recueil de la position argumentée des organismes des professionnels concernés (biologie médicale, infectiologie, hématologie, pneumologie) et du Centre national de référence (CNR) des mycoses invasives et antifongiques.

Ces éléments sont synthétisés dans un argumentaire court, soumis au Collège de la HAS pour validation.