Définition des conditions de réalisation des tests de détection des mutations activatrices de l’EGFR et des mutations BRAF, NRAS, et KRAS

Objectif

Les tests de détection des mutations activatrices du gène EGFR codant pour le domaine tyrosine kinase du récepteur de l’Epidermal Growth Factor (EGFR-TK) et des mutations des gènes BRAF, NRAS, et KRAS sont des tests dits « compagnons » ou « théragnostiques », car ils sont associés à une thérapie ciblée dont la mise en œuvre dépend de leurs résultats prédictifs de l’efficacité ou de la résistance au traitement selon les cas. En 2014 et en 2015, ces tests ont reçu un avis favorable de la HAS pour leurs remboursements. Ce rapport fait suite à une demande complémentaire de l’UNCAM, qui souhaite une description de la population cible et des conditions de réalisation de ces quatre tests, en vue de permettre leur hiérarchisation et la mise en œuvre de la procédure de leur inscription sur la Liste des actes et prestations. Actuellement, la prise en charge de ces quatre tests a lieu via une inscription sur la Liste complémentaire (LC) d’actes de biologie médicale et d’anatomie et cytologie pathologiques (ACP).

Méthode

La méthode d’évaluation de ce rapport a été définie dans le document de cadrage validé par le Collège de la HAS et publié en juillet 2020. Elle consiste dans un premier temps en une recherche systématique de la littérature synthétique et des recommandations de bonne pratique, sélectionnée sur les critères explicites, et de tous documents disponibles publiés depuis 2012 évaluant et/ou décrivant les aspects organisationnels liés à la réalisation des quatre tests compagnons conformément aux indications définies dans les AMMs des thérapies ciblées qui leur sont associées. Dans un second temps, le Conseil national professionnel des médecins spécialistes en anatomie et cytologie pathologiques (CNPath) et le Groupe francophone de cyto-génomique oncologique (GFCO) ont été consultés comme parties prenantes afin de recueillir leur point de vue à titre collectif sur la base de l’annexe du dossier pharmaceutique actuellement en vigueur dans le cadre de l’évaluation des tests compagnons.

Conclusion

En réponse à la demande de l’UNCAM, les données recueillies et analysées dans le cadre de ce travail sont les suivantes :

• les populations cibles des tests correspondent aux patients concernés par les indications définies dans les AMMs des thérapies ciblées associées à leurs tests compagnons ; elles sont estimées à partir des données d’activité de génétique somatique de l’INCa (2018) :
  • recherche de mutations activatrices du gène de l’EGFR-TK dans le cancer bronchique non à petites cellules localement avancé ou métastasé : 22 400 patients ;
  • recherche de mutations du gène BRAF V600 dans le mélanome non résécable ou métastatique : 6 200 patients ;
  • recherche de mutations du gène KRAS dans le cancer colorectal métastatique : 18 700 patients ;
  • recherche de mutations du gène NRAS dans le cancer colorectal métastatique : 16 400 patients.
• la prescription du test peut être réalisée par le médecin clinicien en charge du patient, par l’anatomopathologiste responsable du diagnostic ou encore par un médecin de la RCP ;
• la phase pré-analytique du test est réalisée par un médecin anatomo-pathologiste. Elle comprend des étapes de prélèvement, de préparation, de qualification et de sélection de l’échantillon :
  • la préparation de l’échantillon s’effectue soit par la méthode de fixation en formol suivie d’une inclusion en paraffine (acte N005), soit par la cryoconservation (acte N006) ; une préparation adéquate de l’échantillon permettra de garantir l’intégrité de l’ADN à analyser ;
  • la qualification de l’échantillon correspondant à un contrôle macroscopique et microscopique de l’échantillon. Elle permet notamment d’identifier la présence d’éventuels facteurs confondants (g. tissu nécrose, cellule stromale) et surtout de déterminer la cellularité tumorale de l’échantillon dont la teneur doit être de l’ordre de 20 à 25 %, toujours supérieure à la limite de détection de la technique d’analyse utilisée ;
• la phase analytique du test comprend une étape d’extraction de l’ADN de l’échantillon fixé et la recherche de mutations par technique moléculaire ; elle est réalisée par le médecin de biologie moléculaire :
  • l’extraction des acides nucléiques du tissu fixé (FFPE ou cryoconservé) comprend un processus de lyse cellulaire, d’élimination des protéines puis de purification / concentration de l’ADN à analyser ;
  • les techniques de biologie moléculaire utilisées pour la réalisation de ces tests reposent essentiellement sur la PCR ciblée (la technique High Resolution Melting, la Snapshot, et la technique Taqman®) et sur le séquençage des acides nucléiques (méthode de Sanger, pyroséquençage) ; il n’existe pas de technique de référence ;
• la phase post-analytique comprend l’interprétation, la validation et la communication des résultats via l’envoi du CR-GM. Elle est réalisée par un médecin de biologie moléculaire. Une fois la communication des résultats faite auprès des médecins prescripteurs, le médecin clinicien communique au patient les résultats du test génétique et le choix thérapeutique qui en découle
• conformément à la loi en vigueur, tous les laboratoires de biologie moléculaire doivent être accrédités par le Comité français d’accréditation (COFRAC) selon les critères de la norme ISO 15189 (norme de qualité internationale de référence pour les laboratoires de biologie médicale). Chaque technique d’analyse utilisée par le laboratoire doit faire l’objet d’un dossier de validation de la méthode reposant essentiellement sur :
  • l’évaluation des performances de la technique notamment via l’estimation de la sensibilité analytique (limite de détection), de la répétabilité et la de reproductibilité de la méthode ; la robustesse peut également être évaluée pour certaine technique ;
  • la maitrise des risques à chaque étape du processus analytique du patient (prélèvement de l’échantillon) jusqu’à la communication des résultats d’analyse ;
• au sein des laboratoires de génétique moléculaire, la responsabilité du test est partagée entre le médecin pathologiste qui assure la phase pré-analytique du test et le médecin de biologie moléculaire qui est responsable du choix et de la réalisation de la méthode d’analyse (phase analytique) ainsi que de l’interprétation, de la validation et de la communication des résultats (phase post-analytique).