Les performances des tests de dépistage de la trisomie 21 fœtale par analyse de l’ADN libre circulant

• La trisomie 21 est une anomalie chromosomique dont la prévalence à la naissance augmente avec l’âge maternel. Son dépistage repose sur la mesure par échographie de la clarté nucale du fœtus combinée au dosage des marqueurs sériques du 1er ou, à défaut, du deuxième trimestre de la grossesse. Ce dépistage estime pour les femmes enceintes un taux de risque qui, s’il est supérieur ou égal à 1/250, peut conduire à proposer un diagnostic de confirmation reposant sur l’analyse du caryotype fœtal, après amniocentèse ou choriocentèse, examens qui comportent un faible risque de perte fœtale.
• Dans ce premier volet, la HAS a dans un premier temps analysé les données de la littérature portant sur les performances de ces nouveaux tests de dépistage de la trisomie 21. La littérature analysée montre que le taux de détection de trisomie 21 par le DPNI est supérieur à 99 % et le taux de faux positifs inférieur à 1 % dans le groupe des femmes identifiées comme à risque. La HAS rappelle qu’en cas de résultat positif, le diagnostic de confirmation repose toujours sur l’établissement du caryotype fœtal après amniocentèse ou choriocentèse, et que ces tests ne se substituent pas aux techniques de surveillance de la grossesse, notamment échographiques.
• Les performances des tests tels qu’objectivées par le volet 1 de la HAS justifient de mettre à jour les modalités actuelles de dépistage de la trisomie 21, travail que va mener, dès à présent, la HAS avec les experts et l’ensemble des professionnels de santé à partir des résultats des études françaises, et notamment l’étude Safe 21. Dans ce second volet de l’évaluation, les enjeux éthiques, économiques et organisationnels seront notamment abordés afin de définir précisément la place de ces tests dans la stratégie de dépistage de la trisomie 21 en France.

Conclusion générale

Contexte

Conformément au dispositif mis en œuvre concernant le dépistage prénatal de la trisomie 21, chaque femme enceinte, quel que soit son âge, est informée de la possibilité de recourir à ce dépistage. L’objectif de ce dépistage est multiple :

• donner aux couples des éléments d’information les plus fiables possible sur le niveau de risque de T21 de leur enfant à naître ;
• permettre aux femmes enceintes de décider librement, après une information objective et éclairée, de la poursuite ou non de leur grossesse si une trisomie 21 a été diagnostiquée chez leur fœtus ;
• diminuer le nombre de faux positifs afin de réduire le nombre de caryotypes après amniocentèse ou choriocentèse associée à un risque de perte fœtale. ;
• minimiser le nombre de faux négatifs afin de réduire le nombre d’IMG avec fœtus non trisomique (femmes enceintes refusant le caryotype).

Pour répondre à ces objectifs, le dépistage de la trisomie 21 est fondé depuis 2009 sur l’étude combinée de marqueurs échographiques et marqueurs biologiques du 1er trimestre de la grossesse (un dépistage séquentiel ou sur les seuls marqueurs sériques peut être proposé aux femmes n’ayant pas bénéficié du dépistage combiné au 1er trimestre).

Ainsi, entre 2009 et 2012, le nombre de caryotypes après amniocentèse ou choriocentèse a diminué de moitié consécutivement :

• à la montée en charge du dépistage combiné pour lequel beaucoup moins de femmes sont dépistées à tort à risque ;
• au fait que les femmes âgées de 38 ans et plus ont été orientées vers le dépistage combiné et n’ont plus eu d’emblée une amniocentèse ou une choriocentèse.

Les données connues

La stratégie de dépistage standard de la trisomie 21, telle qu’elle a été mise en place en 2009, offre une performance acceptable en termes de diminution des examens invasifs et de taux de tests de dépistage de la T21 positifs.

La valeur prédictive positive du dépistage combiné est plus élevée que celle du dépistage par les marqueurs sériques seuls (5,7 % versus 1,5 % en 2013).

La montée en charge du dépistage combiné au 1er trimestre a été rapide, témoignant d’une adhésion massive des femmes enceintes et de leurs médecins, malgré les difficultés pour certaines régions de disposer d’un nombre suffisant d’échographistes, et l’absence de moyens financiers spécifiques alloués aux réseaux de santé périnatale¹.
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Les tests ADN libre circulant de la T21 utilisent une technologie fondée sur l’analyse de l’ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel et bénéficient des avancées technologiques que sont le séquençage haut débit et les pipe-lines bio-informatiques.

Le principe de base des tests ADN libre circulant de la T21 est, quels que soient la technologie utilisée (tout génome ou ciblé) et le séquenceur, d’estimer statistiquement par rapport à un génome référent euploïde la surreprésentation du chromosome 21 dans l’échantillon testé (exprimé en Z-score ou en pourcentage de risque).

Si le test ADN libre circulant de la T21 est positif, il nécessite, comme pour le dépistage standard, une confirmation diagnostique par un caryotype après amniocentèse ou choriocentèse.

Les tests ADN libre circulant de la T21 ont une sensibilité et une spécificité élevées, supérieures au dépistage standard.

Bien que l’introduction des tests ADN libre circulant de la T21 dans la stratégie de dépistage de la T21 ne soit pas validée en 2015, on observe en France depuis novembre 2013 un développement de leur utilisation, sans qu’on puisse chiffrer le nombre de tests ADN libre circulant de la T21 réalisés annuellement, accompagné d’une forte pression commerciale concernant ces tests.

¹ La DGOS mène en 2015 un travail ayant pour objet d’actualiser et d’harmoniser les missions de ces réseaux et d’accompagner leur évolution dans un cadre régional, y compris en ce qui concerne leur contractualisation avec leur ARS.

Les questions en suspens

Au regard des performances élevées des tests ADN libre circulant de la T21, que ce soit en population de femmes enceintes à haut risque de T21 ou en population n’ayant pas de surrisque de T21, des questions restent en suspens.

• Quelles seront les performances de la stratégie de dépistage en situation réelle et en fonction de la place du test ADN libre circulant de la T21 dans cette stratégie ?
• Quel sera l’impact des faux positifs et des faux négatifs (correspondant à l’ensemble des femmes dépistées avec un résultat du test de dépistage T21 inexact), lorsque ces tests seront introduits dans la stratégie de dépistage de la trisomie 21, le dépistage combiné ou séquentiel intégré donnant lieu également à des faux positifs et négatifs ?

Le nombre d’amniocentèses ou de choriocentèses, et par conséquent le nombre de pertes fœtales, devrait a priori diminuer grâce à l’intégration des tests ADN libre circulant de la T21 dans la procédure de dépistage de la T21.

• Combien de Test ADN libre circulant de la T21 entraîneront une interruption médicale de grossesse (IMG) tardive ?
• Quel sera l’impact des faux positifs, en termes de pertes fœtales consécutives aux examens invasifs ?
• Quelle sera la conduite à tenir en ce qui concerne la prise en charge de femmes enceintes ayant un test ADN libre circulant de la T21 ininterprétable ?
• Combien de femmes enceintes demanderont un caryotype, y compris en cas de test ADN libre circulant de la T21 négatif ?

Selon le type de test ADN libre circulant de la T21, les pratiques de mise en œuvre, le rendu des résultats, les problèmes techniques, comme par exemple l’intégration de facteurs correctifs, soulèvent un certain nombre de questions.

• Quel sera l’impact du choix de la technique mise en œuvre dans les laboratoires (seuil de positivité, harmonisation des pratiques en termes de formulation du résultat) et quels critères de qualité devront être définis ?
• Quel sera l’impact de la variété des techniques de Test ADN libre circulant de la T21 et du volume d’activité des laboratoires de biologie publics ou privés sur la qualité des pratiques (nombre et types de laboratoires pouvant proposer de réaliser des tests ADN libre circulant de la T21, volume d’activité minimal) ?
• Quel sera l’impact de la méthode de mesure de la fraction fœtale et de la prise en compte ou de la non-prise en compte, selon le test ADN libre circulant de la T21, de cette valeur et quelle sera sa valeur minimale nécessaire à la réalisation des tests ADN libre circulant de la T21 ?
• Quelles modalités spécifiques devront être appliquées pour certaines sous-populations de femmes enceintes : grossesses gémellaires, femmes enceintes en surpoids ou obèses, grossesses dans le cadre d’une assistance médicale à la procréation ?

D’autres problématiques, dont l’impact sera à évaluer, sont également à discuter :

• l’impact de la décision qui sera prise in fine par les femmes enceintes : acceptabilité et préférences des femmes vis-à-vis de la nouvelle procédure de dépistage, acceptation du caryotype pour celles qui auront un test positif, délai de rendu des résultats ; 
• l’impact économique en termes de coût de la technique : la technologie Test ADN libre circulant de la T21 nécessite l'achat de licences et de kits propriétaires, ainsi que des investissements lourds en termes de matériels et ressources humaines ;
• l’impact économique lié à la prise en charge des tests ADN libre circulant de la T21, des examens échographiques, des IMG ;
• l’impact organisationnel en termes de nombre et de durée des consultations de conseil génétique (le système de santé est-il en capacité de faire face à la nécessité d'offrir des conseils à un nombre croissant de femmes qui souhaitent utiliser le Test ADN libre circulant de la T21 ?), de délai de rendu des résultats (délai entre la réception du prélèvement et la transmission du résultat au professionnel de la santé et à la femme enceinte) ;
• l’impact du Test ADN libre circulant de la T21 de la T21 sur les pratiques échographiques (maintien de la qualité des actes, gestion de la découverte d'une anomalie chez une femme avec Test ADN libre circulant de la T21 négatif) ;
• l’impact éthique et organisationnel de la délocalisation du stockage des données issues des séquenceurs (cloud).

Les tests ADN libre circulant de la T21 disponibles en 2015 peuvent inclure, en sus du dépistage de la T21, le dépistage d’autres anomalies chromosomiques comme la trisomie 18 ou 13 (pour lesquelles le test ADN libre circulant de la T21 est moins performant) mais également de dysgonosomies (45,X ; 47,XXX ; 47,XXY ; 47,XYY). Cette problématique nécessite une évaluation spécifique de la performance des tests ADN libre circulant de la T21 dans le dépistage de ces autres anomalies chromosomiques et une analyse de l’impact organisationnel de l’introduction de ces dépistages. De surcroît, elle élargit le débat éthique en termes d’impact de l’étude du génome fœtal sur les pratiques médicales (notamment les IMG), sur le libre arbitre et sur la préférence des femmes enceintes. Cette question ne sera pas traitée dans ce rapport car elle est hors champ de l’évaluation.

Recommandations internationales

Les pratiques de dépistage sont hétérogènes dans le monde et sont soumises à des contraintes économiques, culturelles, sociales et éthiques. La plupart des pays européens proposent un dépistage de la T21 à toutes les femmes enceintes par un test combiné au 1er trimestre de la grossesse ou, à défaut, un dosage de marqueurs sériques au 2e trimestre.

Les recommandations internationales sur la place des tests ADN libre circulant de la T21 dans la stratégie de dépistage publiées entre 2010 et 2015 concluent pour la plupart à une utilisation en 2 de ligne, après la procédure de dépistage combiné, et préconisent de réserver les tests ADN libre circulant de la T21 aux femmes ayant un risque élevé de T21. Un groupement international d’experts (FIGO) a recommandé l’utilisation des tests ADN libre circulant de la T21 en 2de intention pour les femmes ayant un risque « intermédiaire » de T21 (risque calculé > ½ 500).

La Suisse propose une prise en charge financière de ces tests pour les femmes enceintes chez qui le dépistage combiné a mis en évidence un niveau de risque de T21 > 1/1 000.

L’Italie est le seul pays à préconiser l’utilisation des tests ADN libre circulant de la T21 en 1re ligne en remplacement de la stratégie de dépistage en cours.

Conclusion

L’objet de ce rapport en 2 volets est d’évaluer la pertinence de mise en place d’une stratégie de dépistage de la trisomie 21 intégrant les tests ADN libre circulant de la T21 et de discuter de ses modalités de mise en œuvre (place dans la stratégie, coût de mise en œuvre, aspects éthiques et organisationnels).

Le volet 1 avait pour objet de rappeler le contexte du dépistage de la trisomie 21 en France, de présenter un descriptif technique des tests ADN libre circulant de la T21, d’évaluer la performance intrinsèque de ces tests et d’analyser les modalités de dépistage au niveau international. L’analyse des performances des tests ADN libre circulant de la T21 montre que ce sont des tests performants pour lesquels il est pertinent d’évaluer l’efficience de leur introduction dans la stratégie de dépistage de la trisomie 21 ayant cours en France en 2015.

Dans le volet 2, les différents enjeux suivants seront discutés :

• enjeux de santé publique : résultats attendus de la stratégie de dépistage en fonction de la place des tests dans la stratégie thérapeutique et donc de la population concernée ;
• enjeux économiques : efficience attendue des tests génétiques non invasifs en fonction de leur place dans la stratégie de dépistage ;
• enjeux éthiques : mise en exergue des principaux désaccords raisonnables et enjeux éthiques selon différentes options possibles concernant la place du test ;
• enjeux organisationnels : difficultés organisationnelles à prendre en compte selon la place du test, maintien de l’assurance qualité de la procédure de dépistage.

Perspectives

Trois projets, deux français et un canadien, ayant pour objet d’évaluer la mise en situation réelle d’une stratégie de dépistage intégrant les tests ADN libre circulant de la T21, sont en cours, ainsi qu’une étude du NHS (National Health Service).

• Le projet STIC (Soutien aux techniques innovantes et coûteuses) SAFE 21, coordonné par l’équipe du Pr Salomon à l’hôpital Necker-Enfants malades, est une étude nationale multicentrique (69 centres en France) randomisée qui a pour objet d’évaluer l’utilisation des tests ADN libre circulant de la T21 chez les femmes enceintes à haut risque de T21 (défini par un seuil de risque au test combiné > 1/250). Le but de l’étude est d’évaluer l’impact du Test ADN libre circulant de la T21 sur le nombre de prélèvements invasifs et leurs complications (le projet prévoit cependant qu’un prélèvement invasif sera proposé en cas d’échec technique ou aux femmes ayant un Test ADN libre circulant de la T21 négatif mais qui ne seront pas rassurées ou en cas d’anomalie échographique fœtale découverte en cours de suivi, ou aux femmes non éligibles d’emblée du fait de particularités de la mesure de la clarté nucale ou des marqueurs sanguins). Le projet prévoit également : 1) d’analyser, par l’intermédiaire de questionnaires médico-psycho-sociaux dédiés, les préférences des femmes, entre un prélèvement invasif apportant une certitude au prix d’un très faible risque de fausse couche et un Test ADN libre circulant de la T21 ; 2) d’évaluer l’effet de l’absence d’information sur le caryotype du fœtus (donc des potentielles autres anomalies chromosomiques fœtales) ; 3) d’évaluer l’impact économique de l’intégration des tests ADN libre circulant de la T21 dans la stratégie de dépistage de la T21 ; 4) d’évaluer l’impact de l’introduction des tests ADN libre circulant de la T21 sur les pratiques médicales prénatales.
• Le projet DEPOSA, coordonné par le Pr Benachi à l’hôpital Antoine-Béclère (promoteur AP-HP dans le cadre d’un partenariat de recherche AP-HP/CERBA), est une étude prospective interventionnelle multicentrique qui a pour objet d’évaluer l’utilisation d’un test ADN libre circulant de la T21 réalisé en même temps que la procédure de dépistage de routine par les marqueurs sériques. Deux populations à bas risque seront étudiées dont une population de femmes ayant bénéficié d’une procédure d’assistance médicalisée à la procréation. Ce projet permettra : 1) l’évaluation des performances du test dans ces populations ; 2) l’analyse du choix des femmes enceintes en fonction des résultats des deux tests et de leur contexte procréatif ; 3) l’évaluation de l’acceptation de la non-réalisation d’un caryotype et du risque de passer à côté d’une anomalie chromosomique autre que T21, 18 et 13 ; 4) d’estimer le nombre de prélèvements évités par l’utilisation du Test ADN libre circulant de la T21 et le nombre d’échographies supplémentaires (> 3) générées par cette nouvelle modalité de prise en charge ; 5) de proposer une conduite à tenir en cas de valeurs extrêmes du dépistage par les marqueurs sériques.
• Le projet PEGASE (Personnalisation par la génomique du dépistage des aneuploïdies dans le sang maternel) est une étude canadienne multicentrique sur l’intégration des tests ADN libre circulant de la T21 dans le dépistage de la T21 chez les femmes enceintes (entre 10 et 23 semaines de grossesse) considérées à haut risque sur l’un des critères suivants : âge ≥ 40 ans à l’accouchement, dépistage « standard » positif, anomalie fœtale à l’échographie, antécédent de grossesse avec un fœtus T21, mère ou père porteur d’une translocation sur le chromosome 21. Les objectifs de cette étude sont les suivants : 1) comparer en situation de dépistage réel les différentes méthodes de tests ADN libre circulant de la T21 ; 2) évaluer le rapport coût-efficacité des algorithmes des tests ADN libre circulant de la T21 ; 3) analyser les problématiques éthiques, juridiques et sociales liées à l’introduction des tests ADN libre circulant de la T21 ; 4) développer des outils d’aide à la décision destinés aux couples et des outils de formation pour les médecins.
• L’étude du NHS dont le protocole a été publié en 2014 a pour objet d’évaluer l’intégration des tests ADN libre circulant de la T21 dans le programme de dépistage de la trisomie 21 au Royaume-Uni (130). Les tests ADN libre circulant de la T21 seront proposés en 2de ligne aux femmes enceintes ayant un niveau de risque de T21 intermédiaire (compris entre 1/1 000 et 1/151) ainsi qu’aux femmes ayant un risque élevé (risque > 1/150). Dans le cadre de cette étude il est prévu de faire une évaluation économique de la stratégie de dépistage, de l’acceptation et de la préférence des femmes.