Actes de préparation, qualification et sélection d’un échantillon tissulaire ou cellulaire pour analyse de génétique somatique des cancers

Méthode

La méthode d’évaluation utilisée dans ce rapport est fondée sur l’analyse critique des données identifiées dans la littérature scientifique et sur le recueil de la position argumentée des professionnels de santé. Une recherche bibliographique a été réalisée entre janvier 2009 et juin 2019, puis une veille a été conduite jusqu’en décembre 2019. Les parties prenantes ont été sollicitées en septembre 2019.

Résultats

• Huit recommandations de bonne pratique dont deux françaises, quatre guids techniques et deux articles techniques ont été retenus pour l’évaluation des actes de préparation, qualification et sélection d’un échantillon tissulaire ou cellulaire pour l’analyse en génétique somatique des cancers.
• La méthode d’élaboration et la qualité méthodologique des recommandations de bonne pratique ont été analysées au moyen de la grille AGREE II.
• La majorité des recommandations de bonne pratique analysées s’accordent sur la nécessité de garantir la représentativité et la cohérence entre les résultats d’anatomie pathologique et de génétique, en procédant préalablement à toute analyse de génétique somatique des cancers à une sélection fine des prélèvements qui seront utilisés. 
• Dans la littérature analysée, aucun élément de nature à remettre en cause les techniques de préparation n’a été identifié. Ces actes techniques sont consensuels et utilisés historiquement.  L’observation des tissus mous après fixation en paraffine date du milieu du XIXe siècle, la cryopréservation est utilisée depuis 1954 et l’utilisation des « microtomes » date de la fin du XVIIIe siècle.
• Les professionnels s’inscrivent intégralement dans le consensus qui ressort de l’analyse de la littérature et confirment que toute analyse de génétique somatique sur tissu nécessite une sélection et une préparation de l’échantillon tissulaire. 
• Sur les conditions de préparation, de qualification et de sélection des échantillons en vue de l’analyse génétique somatique des cancers, les parties prenantes ont cité ou repris les recommandations françaises de la Haute Autorité de Santé de 2009 et de l’INCa de 2011 qui restent en vigueur.
  
  

I.      Indications

La fixation inclusion peut être réalisée dans les cas suivants :

• Tumeurs solides :
  • tumeurs cérébrales ;
  • tumeurs digestives :
    • cancer colorectal ;
    • tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST) ;
    • tumeurs de l’estomac ;
    • tumeurs du syndrome de Lynch ;
  • carcinomes pulmonaires ;
  • cancers du sein ;
  • mélanomes.

À défaut et en l’absence d’alternative, les autres tumeurs solides et lymphomes peuvent être fixés et inclus avant la réalisation d’examen de génétiques.

La cryopréservation peut être réalisée dans l’ensemble des situations de recherche d’altération génétique, mais il n’est pas recommandé de substituer la cryopréservation par la fixation/inclusion dans les cas suivants :

• tumeurs solides et lymphomes :
  • sarcomes ;
  • lymphomes ;
  • tumeurs pédiatriques.
    
    

• leucémie et autres hémopathies (hors lymphomes) :
  • LAM ;
  • LAL ;
  • LLC ;
  • LMC ;
  • syndrome myéloprolifératif non LMC ;
  • myélome multiple ;
  • syndrome myélodysplasique.

Dans le cadre de la réalisation de la cryopréservation, une partie de l’échantillon doit faire l’objet d’une observation macroscopique et microscopique visant à qualifier l’échantillon, même s’il est évident que c’est une démarche plus complexe que pour les tissus fixés.

II.    Rendu du résultat

Il est important les résultats de ces actes soient formalisés dans un compte-rendu indiquant :

• l’identification du patient ;
• la description du prélèvement  (nature, site, latéralité de l’échantillon, numéro, qualité : taille, présence de tumeur et le cas échant discordance entre le type observé et le type attendu) ;
• le contexte clinique ;
• la cellularité tumorale ;
• la présence de facteurs confondants éventuels (nécrose, type cellulaire (cellules stromales dont les cellules immunitaires, fibrose, …).

À l’issue de la qualification, est réalisée ou validée la sélection des échantillons destinés à l’analyse génétique somatique des cancers.

Conclusion

Au regard de ces éléments, la HAS considère que les actes de préparation, de qualification et de sélection d’un échantillon tissulaire ou cellulaire en anatomocytopathologie (soit la fixation et l’inclusion en paraffine ou N005, soit la cryoconservation ou N006) sont nécessaires à la bonne analyse de ces échantillons en génétique somatique des cancers.