Covid-19 : les tests salivaires RT-LAMP intégrés présentent des performances trop hétérogènes

La HAS a rendu le 18 septembre 2020 un avis favorable à l’utilisation des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire, dans les cas où les prélèvements nasopharyngés – invasifs – n'étaient pas possibles ou difficiles. Elle a poursuivi ses travaux pour déterminer si l’analyse de ces échantillons salivaires pourrait se faire par technique RT-LAMP, une technique d’analyse moléculaire de détection du génome du SARS-CoV-2.

A cette occasion, la HAS a considéré que les performances diagnostiques du test RT-LAMP intégré étaient satisfaisantes pour les patients symptomatiques : une sensibilité clinique de 84%, une spécificité clinique de 99%, un mode de prélèvement plus acceptable que le prélèvement nasopharyngé et une relative rapidité permettant de disposer d’un résultat en 40 minutes. La HAS a toutefois souligné l’absence de données cliniques robustes de performances diagnostiques de cet acte pour les personnes asymptomatiques et a relevé que les données de performances diagnostiques disponibles étaient issues d’une seule étude portée par le fabricant et présentaient des biais méthodologiques liées aux conditions pratiques de sa réalisation.

Compte tenu de l’intérêt potentiel du produit – technologie rapide et non invasive – et du contexte sanitaire, la HAS a procédé, en liaison avec le fabricant, à un retraitement des données qui a permis d’aboutir – dans deux avis rendus fin novembre 2020 et en janvier dernier – à une recommandation sur une indication limitée aux seules personnes symptomatiques chez qui le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficilement réalisable.

Les tests RT-LAMP intégrés ont alors été pris en charge en application de l’arrêté du 3 décembre 2020 prescrivant les mesures d’organisation et de fonctionnement du système de santé nécessaires pour faire face à l’épidémie de Covid-19 dans le cadre de l’état d’urgence sanitaire.

La publication de nouvelles données de performances de ces tests a conduit la HAS à réévaluer aujourd’hui leur place dans la stratégie de diagnostic et de dépistage de la Covid-19. A ce jour, quatre systèmes intégrés disponibles ont fait l’objet d’études retenues dans cette évaluation : EasyCOV® distribué par Skillcell, Genelyzer FII® distribué par Canon Medical, ID NOW® distribué par Abbott Diagnostics et OptiGene® distribué par la société du même nom.

Des performances trop hétérogènes

La HAS a analysé l’ensemble des dernières données de performances disponibles des tests RT-LAMP intégrés sur prélèvement salivaire. Leur spécificité[1] est considérée comme bonne, avec des résultats de 97% à 99%.

En revanche, les données de sensibilité[2] sont problématiques puisque ces tests présentent des résultats très hétérogènes variant de 30% à 90%, sans véritable explication. Cette hétérogénéité est observée en population globale (chez les personnes symptomatiques ou non). De plus, pour un même test, l’hétérogénéité d’un prélèvement à l’autre a été observée entre études ou au sein d’une même étude, et dans des lieux de prélèvement différents.

Ces nouvelles données n’ont pas permis de lever le doute quant aux performances diagnostiques de cette technique et conduisent la HAS à suspendre sa recommandation de prise en charge des tests RT-LAMP intégrés sur prélèvement salivaire.

Des alternatives performantes répondent aux besoins

Depuis novembre 2020, d’autres techniques de détection du génome du SARS-CoV-2 ont été validées sur matrice salivaire (RT-PCR, TMA[3]) permettant de couvrir le besoin de détection du génome viral lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficile voire impossible.

De plus, des tests de détection antigénique du SARS-CoV-2 ont également été validés sur d’autres prélèvements moins invasifs que le prélèvement nasopharyngé comme le prélèvement nasal profond ou nasal antérieur. Cela permet de couvrir le besoin de tests peu invasifs et rapides (moins de 30 minutes) sous forme de TDR, TROD ou d’autotests, notamment en contexte de contact tracing et de dépistage.

Comme pour l’ensemble des avis de la HAS, celui-ci est susceptible d’évoluer en fonction de la disponibilité de nouvelles données.

La HAS rappelle l’importance d’intensifier la vaccination, notamment face à la diffusion du variant Delta sur le territoire, et de maintenir les gestes barrières.

[1] Pour rappel, la spécificité mesure la probabilité que le test soit négatif chez les non-malades.

[2] Elle mesure la probabilité d’avoir un test positif chez les malades.

[3] Le test TMA pour Transcription mediated amplification est une technique de détection du génome viral  dont le prélèvement doit être analysé en laboratoire.