Analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) en contexte postnatal

Contexte – Objectif

L’Analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est une technique de cytogénétique moléculaire qui permet de détecter des variations quantitatives du génome, correspondant à des pertes ou gains de matériel chromosomique (délétions, duplications, insertions, anomalies de nombre de chromosomes…) en comparaison avec un génome de référence diploïde. Il s’agit d’une technique pangénomique d’une résolution très supérieure à celle du caryotype conventionnel, examen considéré comme de référence pour l’analyse de l’ensemble du génome. Elle a fait l’objet d’une demande d’évaluation par la HAS, conjointement par le ministère de la santé et l'Assurance maladie, en vue d’une prise en charge pérenne de droit commun.

L’ACPA a déjà été évaluée en 2019 par la HAS pour une utilisation en cancérologie.

L’objectif de cette évaluation a été de déterminer l’intérêt actuel de l’utilisation de l’ACPA en contexte postnatal, dans le cadre des soins courants. Il s’est agi de définir les indications d’intérêt et la place de cette technique dans la stratégie diagnostique, dans les différentes situations cliniques concernées, ainsi que des conditions de sa réalisation.

Méthode

La méthode utilisée pour la présente évaluation a reposé sur une analyse critique de la littérature synthétique (17 recommandations de bonne pratique, cinq rapports d’évaluation technologique et deux revues systématiques) identifiée par une recherche systématique et sélectionnée sur des critères explicites, le recueil du point de vue collectif des organismes professionnels, des associations de patients et d’usagers concernés par le sujet, ainsi que le recueil des remarques des institutions publiques de santé.

Résultats - Conclusions

Sur cette base, la HAS estime que la réalisation de l'ACPA est justifiée :

• en première intention dans le diagnostic, principalement :
  • des troubles du neurodéveloppement suivants : déficience intellectuelle, syndromique ou non, troubles des apprentissages, syndromiques ou non, troubles du spectre autistique, en particulier lorsqu’ils sont associés à une déficience intellectuelle,
  • de l’épilepsie, en particulier lorsqu’elle est associée à un trouble neurodéveloppemental,
  • et des syndromes polymalformatifs ;
• en seconde intention au cas par cas :
  • dans le diagnostic des anomalies de la croissance, d’une malformation isolée et de l’hypotonie néonatale ;
  • ou pour contrôler un CNV détecté par une autre technique, caractériser un remaniement chromosomique identifié par un caryotype et réaliser des études familiales pour identifier le caractère hérité ou de novo d’un remaniement observé chez un enfant.

La Figure 5 présentée dans les conclusions (chapitre 6) résume la place de l’ACPA dans la stratégie diagnostique des différentes situations cliniques traitées dans le rapport.

Ce rapport préconise (chapitre 6) un certain nombre de conditions de réalisation portant sur les éléments à transmettre avec la prescription, le lieu de réalisation de l’acte, le niveau de résolution minimum de l’ACPA, les éléments à mentionner dans le compte-rendu, les contextes pour lesquels une enquête familiale est nécessaire pour le diagnostic du cas index,  la centralisation des résultats d’ACPA dans les bases de références pour en faciliter l’interprétation, et l’information à délivrer au patient.